李时珍经过长期的临床实践，认识到本草“关系颇重”，而古代本草中“差讹、遗漏不可枚数”，为了纠偏正误，他不耻下问，虚心向劳动大众求教;为了考察药物的形态、生长、性能，他不惜远涉千山万水，足迹遍及大江南北。

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李时珍对宋代苏颂《图经》中的老鸦眼睛草与龙葵龙珠之考证即为一例。李时珍曰：“龙葵、龙珠，一类两种也，皆处处有之。四月生苗，可食，柔滑……但生青熟黑者为龙葵，生青熟赤者为龙珠，功用亦相仿佛，不甚辽远。杨慎丹铅录，谓龙葵即吴葵，反指本草为误，引素问、千金四月吴葵华为证。盖不知千金方言吴葵即蜀葵，已自明白矣。今并正之。”李时珍的这一段叙述不仅将龙葵、龙珠作了归并，辨正了《图经》老鸦眼睛草与龙葵各立一条之误，还辨正了杨慎龙葵即吴葵之失。论述透彻、明确，使龙葵、老鸦眼睛草、龙珠、吴葵、蜀羊泉等之间混乱的名称得以厘正。

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古代本草常将通草与木通相互混淆，或将两者视为一物。李时珍以认真负责的科学态度纠正了前人的这一错误。《神农本草》之通草，《本草纲目》释名为五代南唐陈士良《食性本草》之木通。时珍曰：“有细细孔，两头皆通，故名通草，即今所谓木通也。今之通草，乃古之通脱木也，宋本混注为一，今分出之”。他在“集解”项作了进一步详释，“其枝今人谓之木通，有紫、白二色，紫者皮厚味辛，白者皮薄味淡。本经言味辛，别录言味甘，是两者皆通利也。”

菝葜、土茯苓是古今长期混乱品种，李时珍在《本草纲目》中曰：“土茯苓，楚蜀山箐中甚多，蔓生如莼，茎生细点，其叶不对，状颇类大竹叶而质厚滑，如瑞香叶而长五六寸，其根如菝葜而圆，其大如鸡鸭子，连缀而生，远者离尺许，近或数寸，其肉软，可生啖。有赤白二种，入药用白者良。”生动简要地描述了土茯苓原植物的特征：苓蔓生，叶状如竹叶，大而质厚。根状茎细长，每隔一段间距生一肥厚的块状结节，这与百合科菝葜植物土茯苓(光叶菝葜)的特征完全吻合。特别是说“赤白”二种，真实无误，因其生长环境质地的差别，虽同种植物，亦有赤白之分。李时珍不但对药物标本及性状进行研究，而且还将研究结果与古文献进行比照考证。他说：“按中山径云，鼓镫之山有本草焉，名曰荣草，其竹如柳，其本如鸡卵，食之已风，恐即此也。”并找到“食之已风”的疗效。他还说：“诸医无从考证，往往指为萆?Z及菝葜，然其根苗迥然不同，宜参考之。但其功用亦颇为相近，盖亦萆、菝葜之类也。”李时指出古代医家对此无从考证和相互混淆的药物加以订证和区分。