鳖鱼是软骨鱼，它和硬骨鱼一样，也是用鳃呼吸的，只是它们的鳃和青鱼、草鱼等硬骨鱼不一样。硬骨鱼每边各有一片鳃盖，鳃盖反缘有鳃裂。

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鳖鱼的鳃是露在外面的。鳖鱼的鳃孔有鳃间隔开，而硬骨鱼的鳃间隔却退化了。 硬骨鱼借鳃轰和口的活动，使水压入鳃腔，进行呼吸，而鳖鱼的鳃瓣位于鳃裂的前后壁上，跟水直接接触，上面的微血管从水中吸收氧气，放出二氧化碳气。

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正是因为它的呼吸系统缺乏抽水器官，所以只有向前游动才能使鳃进行呼吸，停留过久就会窒息而死。因此大多数鳖鱼从生到死总是不停地游动着。