在许多年前，口袋怪兽与人类和谐相处，日子过得十分幸福，也没有什么坏人，原本这种生活会永远持续，但是……

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有一天，口袋怪兽的专家——大木博士，在进行研究时发现，一颗硕大的陨石正以每秒100千里的速度接近地球，他立马通知了所有的图鉴拥有者，经商量，他们决定建造一艘飞船，名字就“赛尔号”，并把一些口袋怪兽救到上面，而且造一些机器人来服务飞船（就是后来的赛尔），可出乎意料的是，陨石的速度越来越快，一下子达到了每秒1000000千里的光速撞向了地球，一时间，天摇地动，飞沙走石，于是在危机之下，博士果断的给那些机器人加载了自我意识，并启动了飞船，于是一场新的旅程开始了……