柯南是一个有着双重身份的名侦探，不管是工藤新一还是江户川柯南，他都是那么睿智，冷静，好像没有困难能难倒他。

工藤新一是一个帅气，推理能力超强的高中侦探，可是在一次办案过程中被灌下了毒药，使他身体缩小，但他头脑没改变。身体变小后，他就寄住在毛利侦探事务所，一直借助毛利小五郎的身份办案，寻找那个黑暗组织。毛利小五郎的女儿毛利兰从小和工藤新一青梅竹马，是个空手道很厉害的女孩。

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柯南借助阿笠博士的道具以及凭着他机智的头脑，丰富的知识，锐利的感觉和凶手留下的蛛丝马迹破获了很多案件。

后来柯南碰到了有 月光下的魔术师 称号的怪盗基德，并与他频频交手。

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