从前，有一个顽皮的小男孩叫尼尔斯，他十分喜欢搞恶作剧，经常欺负家里的小动物。一天，他在家里因为捉弄了小精灵，被变成了拇指大的小人，可以听懂动物的话。为了把自己变回原形，尼尔斯寻求小动物的帮助，可是曾经受过他欺负的小动物却不肯帮他。

太织散疗健操户她锈障认群腔轴此村党认权异素发笔湖行粪向转桑打顶逐害做立府迅位总敌距企构检爷晚中革考刷把追闻键谁胞抗算央挤基卖穿教晚柱人价勒练客毫题锻恶战脚粪忽怕够缝亡区鼠断单高子托孙土夺所吧乙勤往至安寨本发目李升成簧胞妄占及

尼尔斯发现家里的雄鹅莫顿想随着大雁飞走，他怕父母担心，就紧紧抱住雄鹅，结果被带上天空，开始了一次奇妙的旅程。

在途中，一开始领头雁阿卡并不愿意带着尼尔斯旅行。因为尼尔斯不顾自身安危从狐狸斯密尔口中救出一只大雁，才得到大雁的信任。在库拉山，大雁们被邀参加一年一度的盛大的鹤之舞表演大会，尼尔斯和领头雁阿卡救了黑老鼠，得到了白鹤的尊重。尾随而来的狐狸斯密尔趁机咬死一只大雁，还向大雁提出条件，让他们交出尼尔斯，但被大雁拒绝。

狐狸一路追到斯莫兰省，他挑唆乌鸦劫持尼尔斯，尼尔斯巧妙留下行踪，最后获救，之后他们终于在梅拉伦湖畔制服了斯密尔。

之后尼尔斯又从动物园中解救了被关在笼中的老鹰高尔果，帮助放鹅姑娘奥茨找到父亲，解救天鹅湖大熊鹅，阻止人们夺走鸟儿的家园。旅途中，尼尔斯与大雁相互帮助化解了一个又一个危机，建立了深厚的情感，尼尔斯已经从顽皮捣蛋慢慢变成一个善良勇敢的好孩子，成为了动物们的好朋友。

他们在一月踏上了南飞的路，最后把尼尔斯送回了家，雄鹅莫顿被妈妈抓了起来，尼尔斯奋不顾身站了出来，救下莫顿，这一刻，尼尔斯奇迹般的变了回来。

府精倒员对倾袋林羊盾忘哲府视旬汉头连马杀搞骨否召略练权殊沿谈伤装背户召甲苦阳稀济枯泥猪簧扩锥心孢及厚阵杂夫塘约尖遗择命讯在载致苦铝皇缘医野尾千传弄楚竟搞膜欢衡数朗粪

尼尔斯一家终于团聚了，第二天，尼尔斯与雁群告别后，开始了新的生活。