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鱼类和水的关系就像陆生脊推动物与空气的关系一样密切，陆生脊椎动物每时每刻都要从空气中获得氧气才能维持生命，离开空气就不能生存，它们是用肺呼吸从空气中获得氧气的。生活在水中的鱼类也同样要呼吸，它是通过鳃呼吸返入水中获得氧气维持自己生命的。在金鱼头后部的两侧有鳃盖，打开鳃盖其内部的腔称为鳃腔，鳃腔的两侧有鳃。金鱼的鳃有以下几部分组成：即鳃弓、鳃瓣(由很多鳃丝组成，突出于鳃腔中，每个鳃瓣有两片)、鳃丝(组成鳃瓣的丝状物、每根鳃丝的两侧又长出许多鳃小片，它含有丰富的毛细血管)、鳃耙。

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在水中，这些鳃片、鳃丝、鳃小片都完全张开，扩大了鳃和水的接触面积，使水通过鳃片上的微血管与水中的溶氧充分地进行气体交换，吸取水中的氧气排出体内的二氧化碳，完成鱼的呼吸过程。如果鱼儿离开水，首先，鳃盖受到大气的压力，张开就很费力，而鳃片、鳃丝和鳃小片互相贴合在一起，就失去了呼吸的能力。所以，鱼儿长时间离开水就会死亡。

有些鱼类在水中缺氧的条件下或在潮湿地还能维护生命一段时间，那是因为它们除了鳃呼吸外，还有辅助呼吸器官，帮助呼吸空气的氧气。例如，泥鳅能在缺氧的水中生活一段时间，因为泥鳅的肠壁分布很多毛细血管，肠可以帮助进行气体交换。在热天，由于水中缺氧，泥鳅游到水上层，把口伸出水面，吞一口气，通过肠进行气体交换，多余的空气和二氧化碳由肛门排出，水中越缺氧、泥鳅到水上层吞食空气的次数越多。金鱼的口腔黏膜也有很多微血管，当水中缺氧时，金鱼就浮头，嘴露出水面，张开口直接吸入空气，当空气进入口腔时，口腔黏膜的微血管吸收空气中的氧气排出二氧化碳。如果在金鱼池中发生了金鱼浮头现象，说明水中氧气不足，不能满足金鱼正常呼吸的要求，必须立即采取增氧措施，例如：搅动水或注入新水等办法，增加水中的氧气。

金鱼的呼吸主要是依靠口和鳃盖的活动使水流进出鳃部来完成呼吸作用，当金鱼吸水时，鳃盖向外扩张，此时鳃盖膜(即鳃盖后边的皮质膜)在水的压力下，靠近鳃盖裂，将鳃盖关闭很紧，使咽部扩大，水流就从口腔流入咽部;吸水完毕后，立即进行排水，此时鳃盖张开，口和口腔紧闭(在上下颌的内缘，也有一皮质的瓣，口紧闭时防止水流出口外)，所吸入的水，要经过鳃裂才能排出，当水流经过鳃裂时，鳃小片血液中的二氧化碳，透过微血管管壁排入到水中，同时血液中的红细胞也吸取了水中的氧。

金鱼在呼吸过程中，食道一直收缩得很紧，所以水不会被吞食到消化管中。