从前有个孩子叫做尼尔斯，他特别的捣蛋懒惰。一天，他的父母不在家，他发现了一个小精灵，本想戏弄一下他，却反而被变成了一个拇指大的小人。他发现自己可以听懂动物们的话，他听到雄鹅莫顿要随雁群一起飞走，便急急忙忙的去阻拦。却意外的开始了一段奇妙有趣的旅行。

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　　一开始，领头雁阿卡不愿意接受他们，并且觉得家畜没有能力，而人类是罪恶的。可后来在沃顿的坚持下，领头雁把他们留了下来。慢慢的他接受了他们。

　　他们飞到各个地方，领略了非常美的风景，了解了不同地区的习俗。尼尔斯在开始旅行时遇到了狐狸斯密尔，并且搅黄了他的捕食计划。于是斯密尔就记恨在心。一直想要杀掉尼尔斯。可从未成功过。在斯密尔陷入困境时，尼尔斯帮助了他。从此以后他们便释然了；在厄兰岛，他目睹了人类伤害了鸟儿，于是他保护了鸟儿。在山羊的洞穴中，他发现狐狸，便与山羊合作，将敌人一举打败；在乌普萨拉尼尔斯帮助了梅贝森，挽救了留级生的生命；在斯康森尼尔斯拯救了老鹰高尔果，帮它重回了天际；在这途中他还遇见了巴基塔，巴基塔告诉他只要杀掉莫顿，他就能变回原来的样子。尼尔斯这时对莫顿已经有了很深的感情，他不忍心杀掉莫顿。在这旅行的过程中他越来越善良，爱乐于助人。与从前的那个尼尔斯简直是天差地别。

　　最后，尼尔斯历经种种后，终于回到了阔别已久的家乡；见到了自己的父母；恢复了自己原来的样子。