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据《史记孔子世家》记载，孔子的祖先本是殷商后裔。周灭商后，周成王封商纣王的庶兄，商朝忠正的名臣微子启于宋。建都商丘（今河南商丘一带）。微子启死后，其弟微仲即位，微仲即为孔子的先祖。孔子的六代祖叫孔父嘉，是宋国的一位大夫，做过大司马，在宫廷内乱中被杀，自孔父嘉之后，其后代子孙开始以孔为姓。其曾祖父孔防叔为了逃避宋国内乱，从宋国逃到了鲁国。从此孔氏在陬邑定居，变成了鲁国人。

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孔子的父亲为叔梁纥（叔梁为字，纥为名，音he），母亲为颜徵在。叔梁纥是当时鲁国有名的武士，人品出众，建立过两次战功，因曾单臂托住悬门让冲进城池的部队撤出而闻名。曾任陬邑大夫。叔梁纥先娶妻施氏，生9女，无子。又娶妾，生一子，取名伯尼，又称孟皮。孟皮脚有毛病，依照当时的礼仪不宜继嗣，于是又于年轻女子颜徵在生孔子。

公元前551年（鲁襄公二十二年），孔子生于鲁国陬邑昌平乡（今山东曲阜市东南）。因父母曾为生子而祷于尼丘山，故名丘，字仲尼。孔子三岁时，叔梁纥卒，孔子母子也不为施氏（叔梁纥的正妻）所容，孔母颜徵在只好携孔子与孟皮移居曲阜阙里，生活艰难。孔子17岁时，孔母颜徵在卒，他服了三年丧。

孔子十九岁时娶宋国人丌官氏之女为妻，一年后丌官氏生子，鲁昭公曾派人送鲤鱼表示祝贺，孔子感到十分荣幸，故给儿子取名为鲤，字伯鱼。鲁哀公十年(公元前485年)，孔子夫人丌官氏去世。

据《孔子家语》和《史记》记载，孔子青年时代曾做过“委吏”（管理仓库的小官）、“乘田”（管理牧场的小官），事无大小，均能做到近乎完美。由于孔子超凡的能力和学识，很快得到不断提拔。到孔子五十一岁的时候，被任命为中都宰（相当于现在的市长），政绩非常显着；一年后升任司空（相当于现在的建设部长），后又升任大司寇（相当于今天的公安局部局部长兼检查部长兼职最高人民法院院长）；五十六岁时，又升任代理宰相，兼管外交事务（由于孔子升迁过快，不符合当时官员晋升标准，因此为代理宰相）。孔子执政时，立即将扰乱政事的奸佞大臣少正卯杀掉，以严肃法纪，因而名动一时，由此可看出孔子不是后世某些人认为的迂腐不堪的学究，而是敢作敢为但不暴虎冯河的伟丈夫。孔子执政仅三个月，就使鲁国内政外交等各个方面就均大有起色，国家实力大增，百姓安居乐业，各守礼法，社会秩序非常好（史书上称“路不拾遗，夜不闭户”），奸佞之人和刁民纷纷出逃；同时，孔子还通过外交手段，逼迫齐国将在战争中侵略鲁国的大片领地还给了鲁国。鲁定公12年，孔子为削弱三桓（季孙氏、叔孙氏、孟孙氏三家世卿，因为是鲁桓公的三个孙子故称三桓，当时的鲁国政权实际掌握在他们手中，而三桓的一些家臣又在不同程度上控制着三桓），采取了堕三都的措施（即拆毁三桓所建城堡）。后来堕三都的行动未能最终成功，但对强公室起到了相当大的作用。孔子杰出的执政能力让齐国倍感威胁，于是为了挤走孔子，送了上120匹良马和80名女乐给鲁国诸侯。鲁国国君沉溺于此，连续三天没有上朝，到了祭祀之日，忘了分祭肉（这在那个时代是非常严重的事情）。孔子对鲁君大失所望，于是离开鲁国，开始周游列国。孔子先后去了卫、宋、曹、齐、陈、蔡、楚等国。孔子虽然在各国都受到了尊重，但由于孔子以仁为核心，以礼为秩序，要求和谐，爱惜民力的政治主张和当时诸侯追求的霸道格格不入，孔子始终未能得到重用从而实施自己的政治理想。孔子68岁回到鲁国，鲁国国君对孔子相当礼遇，但依旧没有重用孔子。

孔子的政治理想在当时无法得到实施，但孔子之伟大在于“知其不可行而行之”，他将自己的政治理想寄托于后世。孔子因而在回到鲁国之后停止了直接的政治活动，一面继续整理文化典籍，修订六经；一面广收弟子，大规模的开展文化教育事业，相传教授弟子3000余人，其中精通六艺的弟子有72人。

晚年，孔子的最得意弟子颜回不幸早逝，得意门生子路死于卫国内乱，儿子孔鲤亦早逝，孔子在“道不行”和这一连串的打击之下，笔者猜测孔子的身体健康受到了极大的损害，孔子于公元前479年农历二月十一日73岁时（72周岁）与世长辞。