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　　从前有个叫尼尔斯的小男孩，他懒惰、调皮、捣蛋、爱捉弄小动物。

　　有一次，尼尔斯的父母出去了，他在睡觉时无意间发现了小精灵。因为破坏约定，二次捉弄小精灵，他也被变成了小精灵。此时他有了特异功能：能听懂动物的语言。

　　尼尔斯开始去求助家中的动物，但小动物们都因为他之前的捣蛋而冷落他，他非常懊恼、后悔。就在此时，家鹅莫顿想跟大雁飞走，尼尔斯情急之下跳到鹅背上，开启了飞行之旅。

　　一开始，雁群并不把尼尔斯当做朋友，还差点驱逐他。但没过一夜，尼尔斯将一只大雁从狐狸的口中救出，雁群们慢慢接受了他，甚至愿意献出生命保护他，之后更是带他看来一个人类不知道的表演大会——“鹤之舞表演大会”。大会上，狐狸因偷袭雁群而被驱逐出境，因此他和雁群结下了梁子。

　　一路上，狐狸斯密尔都在伺机报复雁群，他还怂恿紫貂和水獭偷袭雁群，但雁群在尼尔斯的帮助下，每一次都顺利脱险。随后，大雁门来到卡尔斯克鲁纳军港和大造船厂，兴奋之下，尼尔斯独自去参观，却得罪了青铜大汉，还好被木头人救下，成功脱险。

　　为了躲避狐狸，大雁们绕道飞去厄兰岛，在那遇到了小灰雁邓芬，尼尔斯救下邓芬，并治好了她的脱臼。邓芬和他们一起踏上了旅行。

　　旅行中，尼尔斯还经过许多神奇和有趣的地方。有海底城市、陶庚湖、博尔斯拉格纳等等。经过种种苦难与欢乐，看过无数美丽的景色，尼尔斯慢慢改正了自己以前的缺点，当他返回家乡后，他不仅恢复了原形，还变成了一个善良、富有责任感的男孩。