小男孩尼尔斯因为淘气被住在同处的小狐仙，变成了一个拇指大的小人，他看着他们家的雄鹅要飞走，尼尔斯不顾自己的身体跨上了鹅背，就在那一瞬间鹅学会了飞，带着尼尔斯周游各地。

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在这个奇异的旅行中，尼尔斯认识了很多朋友，也增长了很多见识，当然也碰过好几个凶恶阴险的敌人，其中就有凶狠狡诈的狐狸斯密尔。在这期间，尼尔斯从狐狸斯密尔的口中救出了一只大雁，领头雁阿卡被他感动了，决定带他飞往他们要想去的地方。

在大雁阿卡的帮助下，尼尔斯来到了库拉山，这里是每年都要举行游艺大会的，他见识了乌鸦的飞行舞，山兔的表演，大松鸡的啼鸣，马鹿的角斗，大雁的表演等等，其中企图破坏的狐狸斯密尔也受到了严惩，但是狐狸斯密尔为了报仇，威胁大雁交出尼尔斯，但大雁说我们中间从小的到老的愿意为他而献出自己的生命，尼尔斯听后大大感动。

在狡诈狐狸斯密尔的挑唆下，乌鸦群挟持了尼尔斯，让尼尔斯帮助他们打开有小银币的罐子，尼尔斯使用了各种方法，暗中报告大雁自己的行踪，并成功地把乌鸦杀死了，摆脱了狐狸的追杀，阿卡和雄鹅混合。

经历了种种磨难的尼尔斯，因为改正了自己的缺点，突然变回了人。但不再能听懂动物的语言，他终究和大雁们分别了。