调皮捣蛋的汤姆·索亚从小父母双亡，住在圣彼得堡小镇上的波莉姨妈家。

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一天，镇上新搬来了撒切尔法官一家，汤姆喜欢上了这家的小女孩贝奇。没过几天，汤姆和流浪儿哈克去墓地听死人说话，结果无意间看到来盗墓的印江、波特和鲁滨逊发生了争执，印江杀死了鲁滨逊并嫁祸给了波特。汤姆、哈克吓得连忙逃走，并发誓保守这秘密。

此后，汤姆每天都在不安中度过，贝奇又和他怄气。他觉得心灰意冷，便和乔、哈克去杰克逊岛当“海盗”，过起了逍遥自在的生活。镇上的人们以为他们淹死了，开始给他们办丧礼。汤姆三人得知后，决定出席丧礼。人们见到他们仨，又震惊又开心。

三人回到小镇没几日，凶杀案开庭，汤姆良心受谴，不忍看到波特被判死刑，勇敢地在法庭上告发了印江·乔埃，谁知印江逃走了，汤姆又陷入了不安。

过了一阵，镇上的孩子们受邀参加贝奇的野餐会。野餐途中，有人提议去山洞，不料汤姆和贝奇被困在了山洞中。镇上的人出动去找，没有结果。他们两个在洞中忍受了饥饿、黑暗与孤独，甚至还碰上了印江·乔埃。三天三夜后，他们终于利用风筝线，机智地逃出了山洞。而另一边守夜的哈克，也因为救下了寡妇而被收养。

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法官把山洞封了，汤姆告知印江还在洞里。法官开启山洞，发现印江已饿死在洞内。几日后，汤姆和哈克又再回山洞，找出并平分了宝藏。

从此以后，汤姆和哈克成了英雄，但他们还是不喜欢现在的生活，于是组成了一个强盗帮，计划起了当强盗的事。