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从前，有一个叫尼尔斯的男孩，他顽皮、懒惰，不爱护小动物。因没有兑现诺言而被小狐仙变成了一个只有拇指大的小人。于是他准备找小狐仙讲和，中途看到了家禽们，可它们都嘲笑、奚落他，不愿帮忙。为了阻止对飞行动心的雄鹅飞走，他扑了上去，在鹅背上开启了一段奇妙的旅程。

起初领头雁阿卡不信任尼尔斯，但后来尼尔斯从狐狸手里救下了一只大雁，雁群才渐渐对他有了好感，准许他加入行列。

在格里敏大楼里，褐家鼠企图占领黑家鼠的粮仓，尼尔斯为了援助黑家鼠，用小哨引开了褐家鼠们。

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尼尔斯又跟着雁群们观看了鹤舞大表演，欣赏了许多鸟禽的表演。其中狐狸斯密尔因破坏和平而遭到了惩罚，被驱逐出境。

渐渐的，斯密尔发现尼尔斯是阻止他伤害大雁的最大障碍，千方百计威胁大雁交出尼尔斯，可他打破不了尼尔斯与大雁的深厚感情。

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有一天，尼尔斯不小心跑进深林，被乌鸦发现并被挟持，他被要求打开装有银币的罐子，他在空中通过与各种鸟喊话，向雁群报告自己的位置，最终获救。随后尼尔斯来到一个牛棚，满足了牛的愿望，安顿了老妇人。他还帮助小马茨和奥萨从冰上逃离，还帮奥萨找到了父亲。

在大雁的建议下，他回到了家中。他暗中协助父母，治好了一匹病马。在挽救雄鹅的那一刻，他突然变回了原形，再也听不懂动物说话了，他最终与雁群依依分别。

在经历了一系列历险后，尼尔斯收获了友情和爱，同时成长为一个善良、勇敢，有责任心、乐于助人的男子汉。