在一个小山庄里，有一户人家，家里有个小儿子叫尼尔斯、豪尔耶松，他是个很顽皮的孩子，常常捉弄小动物爱恶作剧，大家都恨透了他。

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有一天，尼尔斯在家抓到一个小精灵，小精灵苦苦哀求尼尔斯放过它，并提出只要尼尔斯放了它，它就拿出几枚金币作报酬，但是尼尔斯出尔反尔不守信用没有放了小精灵，最终惹怒了小精灵把尼尔斯变成了拇指大小的人。

当他发现自己变成了这个样子已经晚了，小精灵早已消失不见了，尼尔斯到处苦苦寻找都不见小精灵的影子，尼尔斯懊悔万分坐在地上大哭起来，此时以前被他欺负过的小动物也趁机对他展开了报复，尼尔斯这时发现了自己能听懂动物的语言了，但还是差点被牛踩死。

尼尔斯后悔之前对小动物做了那么多的坏事才变成今天的样子，正当苦恼时，天空飞来一群大雁，它们邀请着地上的家禽们也一起飞走，这时一只大公鹅蠢蠢欲动想要飞走，尼尔斯担心公鹅飞走了它的父母会伤心难过，变追了上去一把抱住了大公鹅的脖子飞上了蓝天，由此他和公鹅的友谊也越来越好。

一路上尼尔斯认识了大雁首领阿卡还有它的伙伴们，它们也很快成了好朋友，但是期间也遇到了许多困难与危险，都被尼尔斯成功化解了，尼尔斯也逐渐有些变化了，他开始变得善良，勇敢机智，他阻止了鹤之舞表演大会的危险，也解决了黑老鼠的危机……

时间久了尼尔斯开始想家了，变的闷闷不乐起来，好朋友阿卡猜透了他的心思便去找小精灵求情，最后小精灵同意了阿卡的请求把尼尔斯变回了人类。

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尼尔斯开心的回到了家乡，从此后他再也不欺负小动物了，变得善良勇敢，也过上了幸福快乐的日子！