从前，有个小男孩，叫尼尔斯。他顽皮粗野，懒惰无比。直到一天，一个小精灵把尼尔斯给变成了一个小人。

　　尼尔斯很害怕，想要找小精灵道歉。他遇到了家里的家禽，但都不愿意帮他。无奈之下，尼尔斯坐到了围墙上，听到了大雁与家鹅的对话，他想阻止家鹅飞去远方，却被家鹅带走一起飞向了远方。

　　他们落在了维姆布湖边，尼尔斯第一次生吃了小鱼，并跟大雁头阿卡聊一会。半夜，尼尔斯救下了在狐狸斯密尔手中的阿卡，又戏耍了一番斯密尔，接着又救援了小松鼠，并且留在了雁群。

　　他们一起来到了斯康耐平原，尼尔斯需要去看鹤跳舞，但阿卡不同意，意外地发现了老鼠大军，拯救了格里敏城堡，吹奏了魔哨。

　　出来之后，他们一起飞去了库拉山看鹤跳舞表演大会。大会之后，尼尔斯在躲雨的同时，知道了怎么回去的秘密。他们再一次出去遇上了紫豹，它想偷袭大雁群，却失手了。夜里，被狐狸挑唆的水獭去吃大雁，却被尼尔斯击败。

　　大雁们一起飞去了厄兰山，却迷路了，陆续又遭到了白鹅失踪，在寻找白鹅的途中遇到了灰雁戴芬，最后成功找到。在穿越卡尔马海峡时，来了一场可怕的暴风雨，住宿到了一个山洞，帮助了在里面生活的羊，了解了地狱谷。

　　这天晚上，尼尔斯看见了两座不一样的城市，一座豪华，一座破烂。随后，又被乌鸦劫持了，幸好，他躲进了瓦罐，迟钝儿便把它救了出来。出来后，他们来到了牛棚借宿，为房子的主人送行。离开后，尼尔斯和狗一起抓住了狐狸。

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　　大雁们为了让戴芬完成心愿，去了石头岛，却因离开时，尼尔斯落入了克里木之手，并和他约定了下来。尼尔斯救下了老鹰高尔果，克里木面前，又带到了阿卡面前。

　　尼尔斯和大雁们一起朝着南方飞去，返回家乡。最后，尼尔斯成功变回人型，回到了父母身边。