从前有一个叫尼尔斯·豪尔耶松的小男孩，他从小便爱欺负小动物。一次他得罪了小狐仙，神奇的遭遇便就此拉开了帷幕。

小狐仙将尼尔斯变成一个拇指大的小人儿，从前尼尔斯制服了的动物也反过来谴责他。后来，他为了阻止雄鹅飞上天空，便从墙上跳了下来，与雁群一起周游瑞典。

在这期间，他经历了许多许许多多的事，如大海上移民收获的鱼，在太阳下泛着闪闪的银光，鹤群婀娜多姿的舞蹈……

其中最有趣的还数尼尔斯智斗狐狸，这只狐狸叼走了一只大雁，好在尼尔斯反应敏捷，通过自己的聪明与智慧救下了大雁。领头的大雁为了感谢他，便答应带他去一个自己想去的地方。

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在一次次的经历中，尼尔斯已经成为了一个能独当一面的男子汉。他遇事不乱，沉着冷静，最后在鹤群的帮助下，回到了他日思夜想的家。他也郑重的与所有的动物道了歉，小狐仙看到他的改变后，也把它变回了原来的样子。