《秘密花园》这本书里的主角之一——玛丽·伦诺克斯出生在印度，一年到头毛病不断，而且她的脾气很坏，每天都要仆人照顾。她看上去的确很令人讨厌：一张黄瘦的小脸，一头又细又轻的头发，单薄的身材，还有一副整天都是气鼓鼓的表情。她的爸爸、妈妈很是不在乎她这个女儿。玛丽也就对爸爸妈妈产生不了感情。

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一天，玛丽远远地看到妈妈和一位年轻的军官在说话，两人都显的非常不安。玛丽大约听清楚了他们的谈话，意思差不多就是那个军官叫玛丽的妈妈去山里躲一躲，玛丽的妈妈说她还要去赴一个晚宴。最后瘟疫以最致命的的方式在佣人住处爆发。玛丽躲在儿童房间里，哭了又睡，睡了又哭。没有任何人想起她。就是这种特别的方式，玛丽变成了孤儿。她被送往了一个贫困的英国牧师家里。牧师家中有五个差不多大的孩子。玛丽与孩子们格格不入，孩子们马上就不理她了，开始捉弄她，叫她“倔强小姐玛丽”。后来玛丽要被送往她的姑父家。她的姑父是一个性格古怪的驼背。

她在她姑父的那个庄园里认识了玛莎，迪肯，花匠本，还有她姑父一直不愿提起的儿子—柯林。柯林老是说一些“自己要死了”“我活不长了”的话，不肯站起来。最后是玛丽、迪肯发现了一座荒废的花园(玛丽姑父死去的妻子，生前最喜欢的花园，因为妻子的死去，玛丽姑父就把那座花园锁起来了十年)，玛丽他们用轮椅把柯林带到了这里，让柯林自信，慢慢地站了起来。他们还在秘密花园里种了很多东西，让快要“死去”的花园又活了过来。当她的姑父再次推开那扇花园的们时，发现了站起来的柯林。他兴奋极了，牵着柯林向庄园里走来。