快乐蓝精灵贝贝来到浩瀚的大海里，它每天都漫游在蔚蓝晶莹的海水中，与跳着舞的海藻姐姐捉迷藏，与淘气的小海星嬉戏，有时也在海带伯伯长长的胡子上打秋千，生活的无忧无虑。

直到有一天，邪恶的海怪阿瑞斯杀害了美丽圣洁的雅典娜女神，并宣称自己是海上的霸王，贝贝亲眼目睹了这一切，决心一定要打败阿瑞斯，给雅典娜女神报仇，然后和另外四个福娃——京京、欢欢、迎迎、妮妮一起享受和平的阳光。

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在寻找海怪阿瑞斯的路上，贝贝走得并不轻松。它努力地游啊游，忽然面前出现了一大团黑乎乎的东西，它还以为是怪物，就赶紧变成了一条小鱼，跺在礁石后面，可仔细一看，原来是可爱的皮丘，皮丘和老乌龟爷爷也要一起去帮助贝贝打败阿瑞斯。它们穿越时空隧道，经历千难万险，几经波折，终于把阿瑞斯打败。可是，老乌龟爷爷变成了石像，再也不能和他们在一起了。

贝贝告别了皮丘，告别了宁静广阔的海洋，和京京、欢欢、迎迎、妮妮回到了自己的家——“鸟巢”国家体育场。