从前，有一个顽皮的小男孩，叫尼尔斯，他十分喜欢恶作剧，欺负小动物，一天，他趁他的父母不在家，在家里因为捉弄了一个小狐仙，被小狐仙变成了一个拇指大的小人。

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尼尔斯为了变回原样，就去牛棚里寻找小狐仙，发现自己可以听懂动物的话，于是他向动物求助，但动物们对他并不友好，反而报复他，尼尔斯十分伤心，突然发现家里的雄鹅莫顿想随着大雁飞走，尼尔斯不想让父母担心，就紧紧抱住雄鹅，却被带上了天空。

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尼尔斯为了呆在雁群，化名为大拇指，（以前的他在动物界臭名远扬）但因为是人来，还是要被雁群赶走，为了获取雁群的信任，他拼尽全力从狐狸斯密尔口中就出了一只大雁，得到了大雁的信任，而且尼尔斯和领头雁阿卡拒绝了鹤之舞表演大会的邀请，去救黑老鼠，得到了白鹳的尊重，终于，尼尔斯有了变成人的机会，但是他拒绝了，他跟随大雁继续旅行。

不仅如此，尼尔斯想要帮助海底城的人，虽然失败了，但他明白了许多道理，还教训了一直想要报复自己的狐狸斯密尔，就出了阿卡的干儿子高尔果，他和大雁想要帮助天鹅却反遭嘲讽，但是尼尔斯并不在意，反而一而再，再而三的帮助他们，经过了这么长的路途，尼尔斯已经从顽皮捣蛋的坏孩子慢慢变成了一个聪明善良、勇敢机智的好孩子，成为了动物的朋友。

可是好景不长，尼尔斯从乌鸦巴塔基口中得知自己要想变成人，就要让父母杀了莫顿！这让尼尔斯心里很失落，莫顿被父母发现了，还要杀了莫顿的妻子邓芬，就在他们要被杀了的千钧一发之际，尼尔斯冲进了屋子，却惊喜的发现自己又变回了人，成了一个善良、勇敢、机智的人。