小男孩尼尔斯十分顽皮，经常欺负家里的小动物，动物们都非常讨厌他。一天，由于自己的顽皮，想要抓住小狐仙的他反而被变成小狐仙。他着急的想变回去，可是曾经受过他欺负的小动物们都不肯帮助他，无奈之下，只好爬上围墙想办法。大白鹅莫顿想和大雁飞走，心地善良的他为了不让白鹅飞走，意外和大白鹅飞向天空。在飞行途中，他们和大雁阿卡的雁群成了好朋友。在不断的冒险和锻炼中，尼尔斯渐渐成长了他不再是以前顽皮的孩子了，他变得团结有爱，机智勇敢。

一次，尼尔斯和大雁群在休息途中认识了常常被狐狸欺负的山羊群。他们勇敢帮助山羊群，让三只狡猾的狐狸都掉下了悬崖。他们成了山羊们的“英雄”。

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在飞行途中，他们遇到了斯密尔的袭击。可是，在尼尔斯的帮助下，他们相互帮助，很快渡过了难关。白鹅莫顿发现了一只小灰雁，她的腿严重脱节了，莫顿偷偷照料她，怕给大家带来负担。可尼尔斯知道后，反而帮助小灰雁邓芬，一起照顾她，她的伤很快就好了，他们又一起向大雁群飞去。

他们来到了邓芬的家乡，嫉妒心极强的姐妹怂勇家鹅和老鹰搏斗，后来还是尼尔斯及时赶到，帮忙解了围。原来啊，这只老鹰并不是别人，就是把尼尔斯送回雁群的高尔果！他和大雁阿卡有一段故事。阿卡在小高尔果父母遇难后，一直像养母一样照顾着他。

他们在10月踏上了南飞的路。尼尔斯怀念家乡的心更加强烈了。最后，尼尔斯回到家后，却目睹了白鹅一家被抓了起来。尼尔斯为了救朋友，冒着自己还是个小人儿的风险，在千钧一发的时候救下了他们。尼尔斯也奇迹般的变了回来！一家终于团聚了。次日，尼尔斯与雁群一一告别后，开始了新的生活。