玛丽是故事的主人公，他是一个不招人喜欢的小女孩，他长得又瘦又矮，他的父母每天都很忙，父母把它交给了保姆，他一出生就他一出生病就没停过，他的头发又黄又少，缺少父母爱的玛丽从小就倔强，脾气古怪。

　　一场霍乱使性格乖戾的玛丽变成了孤儿。他只得被送往远在英国的克莱蒙舅舅家一起生活，他舅舅克莱蒙一直沉浸在丧妻的悲痛之中，性格变得越来越阴郁，古怪。

　　玛丽在舅舅家无意地发现庄园有上百间被锁闭的房子，有十年不让进的花园，有深夜传来的哭声，这些都吸引着她去探索庄园之谜。

　　在一个深夜，玛丽听到了哭声。他随着哭声来到了门前。他推开门，看到一个男孩，他叫柯林。他是克莱蒙的独生子，他身体虚弱，对生活失去信心，也是一个野蛮的小男孩。所有人都以为他离死不远了，可是柯林在玛丽的帮助下，他感到了生活的温暖与美好在。庄园内，他学会了奔跑和大笑。

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　　玛丽的仆人玛莎，他有一个弟弟叫迪克，玛丽和迪克很快的成为了好朋友。在庄园玩耍的玛丽，意外的在知更鸟的帮助下，找到了秘密花园的大门和钥匙。玛丽在迪克的帮助下，使荒芜的花园重现生机。不久，庄园的小主人柯林也参入进来，感受到了大自然的美好。大自然的力量改变了一切，常年笼罩在阴霾之下的古老庄园及其主人也一同获得了新生。

　　最终，小柯林变得健康又快乐，克莱蒙舅舅走出了阴影，玛丽也变得更加可爱、活泼。整个克莱蒙庄园笼罩在一片欢乐温馨的气氛之中。