故事的主人公玛丽是一位从小不被父母宠爱的倔强娇纵的小姐，一场霍乱夺走了她的亲人和仆人的生命，但她并没有感到伤心，她在乎的仅仅是会不会有新的仆人给她讲故事。玛丽成了孤儿，只好带着她那讨人厌的脾气来到了姑父克雷文先生的庄园，开始了她的神奇旅程。

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　　因为妻子去世，克雷文先生的庄园和主人一样变得死气沉沉，而且充满秘密，没有人愿意住在这里，更别说玛丽这位性格娇纵的小姐了。可女仆玛莎、花匠季元本和友好伶俐的知更鸟打开了玛丽久久关闭的心窗，在知更鸟的指引下，玛丽找到了开启秘密花园的钥匙。

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　　玛丽还结识了喜欢和动物交朋友的农家小子迪肯，一位从小丧母、长期卧床的小少爷柯林。

　　在迪肯的带领下，他们一起在秘密花园里耕种，使花园从此焕发出盎然生机，到处充满了大自然的魔力：树下的花朵洁白茂盛，像是下了场雪；玫瑰花鲜红艳丽，像是他们小脸蛋上的红晕；蜜蜂在花丛中嗡嗡直响，像是在给他们唱歌；小鸟和蝴蝶在“天空”翱翔；爬满墙的玫瑰藤，为花园添了几分特色而这些，都是他们向往的魔法，正是因为这些神奇有趣的魔法，使柯林和玛丽从脾气暴躁、极为古怪的小少爷和小姐，变成了愿意与其他人一样玩耍、懂得关心别人的快乐孩子。春天到来，万物生长，秘密花园不仅奇迹般地重现生机，而且更加美丽。玛丽、柯林甚至克雷文先生心中的冰块，都被花园的独特魔法一点一点融化了。大自然用那神奇的魔法，创造了奇迹！