尼尔斯因为运动小狐仙而被变成了一个拇指大的小人，同时也可以和动物对话了，当他得知家里的雄鹅莫顿要跟雁群一起离开时，着急的，抱住莫顿的脖子阻止他不知道飞走，但是却意外的骑在鹅背上，开始了一段奇妙有趣的旅行。

尼尔斯和雁群在旅程之初便招惹了狐狸斯密尔，这是一只，奸诈狡猾，心胸狭隘的狐狸，总是想要伤害他们，她穷追不舍，不惜跋山涉水，一直紧紧跟随雁群的足迹，斯密尔多次尝试抓住尼尔斯，但都被尼尔斯，巧妙逃脱了，当斯密尔被人类抓住，装在铁笼里，尼尔斯把她救了出来。

厄兰岛之行中，尼尔斯，第一次目睹人类伤害鸟儿的场景，不禁产生了保护动物阻止人类滥杀乱杀的想法。当他在大时拖后发现受伤的小灰雁时，热心的为其治好了翅膀。在山羊栖息的洞穴中，尼尔斯主动子承担守夜的重任，当他发现狐狸时，主动与山羊合作，将敌人一举打败。

在乌普萨拉，尼尔斯本来有很多机会，可以一夜之间变回原来的样子，可他不想趁火打劫，不想把自己的快乐建立在别人的痛苦上，所以他选择了放弃。不仅如此，他帮助悔贝森找回书稿，同时间接挽救了留级生的生命。

当在斯康森公园里见到老鹰高尔果时，尼尔斯不忍心看他自暴自弃，于是费尽力气磨断铁笼，成功帮助高尔果重回天际。

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尼尔斯用真心对待朋友莫顿，他最大的愿望是变回人类。但是巴基塔告诉他，要想变回人类就要以莫顿的生命为代价，他宁愿自己永远是小人儿，也不想让莫顿受到伤害。最后他们偷偷回到家，他旳父母要杀了莫顿做烤鹅时。他做出了痛苦的抉择，他救了莫顿，他也变回了人类。