很久以前，有一个小男孩，他叫做尼尔斯。他的家住在瑞典南部的一个小镇上，尼尔斯非常不喜欢读书和学习，总是调皮捣蛋，惹事生非，捉弄小动物。

一天，尼尔斯的父母上教堂去了，尼尔斯自己待在家里非常无聊，于是尼尔斯就在家里捉弄一个小精灵，结果小精灵很生气，一下把14岁的尼尔斯变成了拇指般大小。

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曾经，那些受尼尔斯捉弄的动物现在都趾高气扬，雁群们恰好飞过，年轻的雄鹅莫顿觉得天上非常好，于是也飞了上去，尼尔斯紧紧抓住了莫顿的脖子，也被带到了天空，在空中，他们认识了领头雁阿卡，然后从狐狸斯密尔救下了大雁，尼尔斯和雁群又增加了一份友谊。可是一早醒来的尼尔斯发现雄鹅莫顿没在，到处寻找它，最后莫顿快要被剪掉翅旁的时候，尼尔斯救了它，到了晚上，尼尔斯睡在雄鹅莫顿的羽毛里，等尼尔斯醒来的时候，雁群里又多了一只大雁，它叫邓芬，尼尔斯和它结识了朋友，可是一张大网突然从天而降，尼尔斯被抓到了一个笼子里，在他的旁边还有一只老鹰，尼尔斯决定帮住老鹰，和它一起返回了雁群。

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当他重返家乡后，不仅变成了一个高大帅气的男孩子，而且成了一个善良乐于助人，勤劳的好孩子。